این وب گاه جهت معرفی دانش جدید Systems Biology در ایران راه اندازی شده است.
وب لاگ "سیستم بیولوژی" از تمامی علاقه مندان به این رشته در زمینه گرد آوری مطالب،ترجمه،ارائه خلاصه مقالات به روز،ارائه سمینار های هفتگی به صورت الکترونیکی همکار می پذیرد.برای اعلام همکاری خود کافی است که خلاصه ای از علاقه مندی ها و سوابق علمی خود را به آدرس پست الکترونیکی afeizi@gmail.com ارسال کنید تا پروفایل شخصی شما ایجاد شود .
با تشکر از علاقه مندی شما
امیر فیضی
Iranian Systems Biology Network
شبکه سیستم بیولوژی ایران با محوریت بر قراری ارتباط بین محققین رشته های مختلف و مورد نیاز این رشته در مورخ ۱۷/۸/۸۷ همزمان با شروع دومین همایش بیوانفورماتیک ایران آغاز به کار کرده است. تعداد زیادی برشور در این همایش توزیع شد. این شبکه توسط انجمن بیوتکنولوژی حمایت می شود . وابسته به هیچ ارگان یا سازمانی نیست و با همکاری دانشجویان فنی و زیستی ادراه می شود و آماده پذیرش هرگونه همکاری در زمینه طراحی صفحات وب فلش و برگزاری جلسات سخنرانی است
دکتر سعید تواضعی دارای کارشناسی فیزیک از دانشگاه یوتا و دارای مدرک دکتری بیوفیزیک از دانشگاه هاروارداست. او از سال ۲۰۰۵ در دانشگاه پرینستون فعالیت دارد و آزمایشگاه اختصاصی دارد و بر روی کشف اطلاعات عملکردی از شبکه های ژنی و ارتباط آن ها با فنوتیپ سلولی و ارگانیسمی تحقیق می کند. اکثر مقالات او در ژورنال های معتبری مانند sceince و Nature و Plos genetic چاپ شده است. برای آشنایی بیشتر با او می توانید از روی این آدرس وارد آزمایشگاه او شوید :http://genomics.princeton.edu/tavazoie/web/saeed.html
ساختمان زیبای دانشگاه پرینستون که آزمایشگاه دکتر تواضعی در آن قرار دارد!
The research in our laboratory is focused on a central problem in biology—how genetic information maps to phenotype. We work on 1) transcriptional networks, where DNA regulatory elements dictate the primary manifestation of phenotype—that of expressing genes into mRNA, and 2) on genetic networks, where complex interactions between gene products underlie the ultimate expression of phenotype. We make extensive use of traditional experimental methods, including molecular biology, microbial physiology, and biochemistry. In addition, we develop and employ novel technologies for making genome-wide measurements, together with computational and analytic tools required to turn these observations into plausible models of the underlying biology. Our goal is to achieve a predictive understanding of biological behavior in terms of the structural and dynamical properties of the underlying molecular networks.
نهمین کنفرانس سیستم بیولوژی هم اکنون در کشور سوئد و در شهر زیبای گوتبرگ در حال برگزاری است. می شود گفت این کنفرانس که هر ساله در یک کشور برگزار می شوند معتبرترین گرد همایی در سیستم بیولوژی در هر سال است. خبر بسیار قابل توجه این است که امسال گروه سیستم بیولوژی ما به سرپرستی دکتر ملبوبی و دکتر علیرضایی با دو مقاله در این کنفرانس شرکت کرده است و هم اکنون دکتر ملبوبی از طرف تیم در این کنفرانس حضور دارند. اهالی فن می دانند که این حضور برای جامعه ی علمی ما بسیار ارزشمند است و ما از این بابت بسیار خوشحالیم.
اعضای تیم:
اساتید:دکتر محمد علی ملبوبی،دکتر جواد علیرضایی
دانشجویان: تهمینه لهراسبی،امیر فیضی،پویا صبح بیداری، روزبه منشئی
مطمئن هستم این زبان به زودی در دنیای سیستم بیولوژی غوغا می کنه در پست های بعدی سعی خواه کرد بیشتر به این زبان بپردازم.
به نقل از این سایت:
"The little b project is an effort to provide an open source language which allows scientists to build mathematical models of complex systems. The initial focus is systems biology. The goal is to stimulate widespread sharing and reuse of models."
است که معمولا این زبان به منظور برنامه نویسی در زمینه های هوش مصنوعی کاربرد دارد.ادامه را از این جا بخوانید.
| استفاده از داده هاي پروژه هاي ژنوم در زيست فناوري |
 | |
|
• مجري کارگاه: دکتر محمد علي ملبوبي • مدرسين کارگاه: امير فيضي - تهمينه لهراسبی • زمان برگزاري: 27-15 تير 1387• مهلت ثبت نام: 7 تیر 1387 • هزينه ثبت نام: فرد عادي غير عضو: 300.000 ريال فرد عادي عضو انجمن*: 200.000 ريال دانشجوي غير عضو**: 120.000 ريال دانشجوي عضو انجمن: 80.000 ريال * با ارائه کارت عضويت ** با ارائه کارت دانشجويي به شرکت کنندگان در صورت موفقيت، گواهي معتبر اتمام دوره نظري کارگاه اعطا خواهد شد و از 10 نفر از افرادي که بالاترين امتياز را در بخش نظری کسب نمايند، براي حضور در دوره عملي کارگاه به صورت رايگان دعوت به عمل خواهد آمد. متعاقباً گواهي شرکت در دوره عملي کارگاه نيز به صورت جداگانه به اين افراد تعلق خواهد گرفت. محل برگزاري دوره عملي کارگاه: اتوبان تهران _ کرج، بعد از پيکان شهر، بلوار پژوهش، پژوهشگاه ملي مهندسي ژنتيک وزيست فناوري |
October 18-21, 2008
يكي از كاربرد هاي اصلي اين رشته كه امروزه هزينه ها و تمركز زيادي را به خود اختصاص داده است، استفاده از سيتم بيولوژي در مدل سازي اثر دارو ها در سلول هاي هدف و ميسر هاي بيوشيميايي درگير است. دانشمندان اميدوارند كه در آينده نزديك با مدل سازي هاي دقيق تر بتوانند دارو هاي اختصاصي تر با اثرات جانبي كمتر و بهينه را طراحي كنند.
به عنوان مثال نشان داده شده است كه گيرنده فاكتور رشد اپيدرمال كه امروزه مورد هدف بسياري از دارو هاي جديد سرطان است، متعلق به يك خانواده است كه چهار نوع از انواع گيرنده هاي هم خانواده را شامل مي شود. نشان داده شده است كه اين گيرنده ها توسط 30 بر همكنش مختلف با مولكول هاي متفاوت تحريك مي شوند. فلذا اين بر همكنش پيچيده ايجاب مي نمايد كه دياگرام و طرحي از نحوه ي عملكرد اين مولكول ها و نقش هر كدام از آن ها را داشته باشيم. در اين صورت براحتي و با هزينه كم مي توانيم اثر هر نوع دارويي را كه طراحي مي كنيم در نحوه عملكرد اين تركيب پيچيده پيش بيني كنيم. بعلاوه مدل هاي كه توسط سيستم بيولوژي طراحي مي شوند اين امكان را فراهم مي كنند كه واكنش سلول و مسير هاي بيوشيميايي آن را نسبت به شرايط محيطي كه نمي توان برا حتي در آزمايشگاه مطالعه كرد را آناليز كنيم.
به طور كلي دانش سيستم بيولوژي بر سه پايه اصلي استوار است:
ç جمع آوري و ادغام داده هاي آزمايشگاهي
ç پردازش داده ها
ç مدل سازي
موضوعات اصلي در سيستم بيولوژي شامل آناليز شبكه هاي مختلف است كه مهمترين اين شبكه ها عبارتند از :
ç شبكه هاي ژني
ç شبكه هاي برهمكنش پروتئين ها
ç شبكه هاي متابوليسمي
ç شبكه هاي سيگنالي
و...
Pathway/ interaction DBs / literature Data analysis Model construction Model analysis Hypothesis formulation Experimental planning Experiments to test hypotheses Biology Technology Computation Cell-specific, comprehensive, kinetic and quantitative data
شكل :مراحل مختلف و اجزاء تشكيل دهنده دانش سيستم بيولوژي
واضح است كه براي مدل سازي هر كدام از اين شبكه ها با توجه به ويژگي هاي كه هر كدام از آن ها دارند از روش ها و الگوريتم هاي خاصي استفاده مي شود ولي آن چه مهم است اين است كه در نهايت هدف سيستم بيولوژي رسيدن به يك مدل واحد و كشف ارتباطات بين اين شبكه ها و نقش آن ها در حيات سلول ، ارتباط بين سلول ها و شرايط محيطي و در نهايت پاسخ موجود به تغييرات محيطي است.
